رسالة ماجستير في كلية تكنولوجيا المعلومات تناقش اكتشاف طفرات تسلسل DNA بالاعتماد على الخوارزمية الجينية متعددة المناطق وقواعد الارتباط الضمنية

التاريخ :23/10/2019 05:51:50
كلية تكنولوجيا المعلومات
كتـب بواسطـة  حسين علي العميدي عدد المشاهدات 183



 

ناقشت رسالة ماجستير في كلية تكنولوجيا المعلومات للطالبة سارة قاسم عبد الرضا وبأشراف الدكتورة ايمان صالح صكبان والتي حملت عنوان اكتشاف طفرات تسلسل DNA بالاعتماد على الخوارزمية الجينية متعددة المناطق وقواعد الارتباط الضمنية

وبينت الباحثة سارة قاسم ان في الوقت الحاضر، يعد تحليل الطفرات موضوع ا مثيرا للاهتمام في مجال المعلوماتية الحيوية وقد جذب انتباه الباحثين على مدار الأعوام الماضية، حيث الطفرات الفردية والمتعددة في جين الحمض النووي قد ت غير ب نية ووظيفة البروتين وقد تسبب مرضا وراثيا. طفرة تسلسل الحمض النووي تختلف في الحجم والنوع والعدد. بالإضافة إلى ذلك، قواعد بيانات الحمض النووي تكون ضخمه ومعقدة.

وأوضحت الباحثة ان الهدف من الرسالة هو اقتراح منهجية لديها القدرة على اكتشاف وتصنيف الطفرة في تسلسل جين الحمض النووي. المنهجية أعط ت اهتماما كبير ا لاكتشاف المنطقة) المناطق (التي تغيرت عن تسلسل الجين النموذجي للحمض النووي ولتصنيف الأنواع المختلفة للطفرة. النظام يقترح مرحلتين مهمة ين، المرحلة الأولى هي نموذج المحاذاة بين تسلسلين للكشف عن التغيير في تسلسل الحمض النووي الذي تم تطبيقه على أساس طريقة مطوره تسمى الخوارزمية الجينية متعددة المناطق (MZGA). تتكون المرحلة الثانية من نموذجين للتصنيف القائم على القواع د؛ قواعد الحذف والإضافة (DI-Rule) وقواعد الارتباط الضمنية. DI_Rule هو نموذج بسيط قائم على القواعد يصنف الأنواع المتعددة للطفرة من نوع حذف و أدخال. من ناحية أخرى، نموذج قواعد الارتباط الضمني يستخلص العلاقة المخفية لمجموعة من القواعد المقترحة التي تصنف الأنواع المختلفة لطفرة الاستبدال.

 

استخدمت مجموعة بيانات حقيقية وعالمية تسمى COSMIC ) مجموعة الطفرات الجسدية في السرطان( في بناء نموذج اكتشاف الطفرات ت و في اختبار النظام. وهي تتضمن تسلسلا ت نموذجية لجينات مختلفة وعلى طفرات تختلف في الطول والنوع والمواقع. حققت الكفاءة في نموذج اكتشاف الطفرات عن طريق تقييد نموذج المحاذاة على الأداء في مناطق تسلسل الجين الذي تحتوي على طفرة. معدل الخطأ في نموذج اكتشاف الطفرة هو 0.002179 . بالإضافة الى ذلك، نموذج قواعد الارتباط الضمني قلل عدد القواعد المقترحة من 4032 الى 57 قاعدة. من أجل تقييم نموذج قواعد الارتباط الضمني، تم استخدام مقياس الثقة لهذا الغرض. أخيرا، تم مقارنة نموذج قواعد الارتباط الضمني مع الطرق القياسية الأخرى مثل) Decision Tree (DT)، Bayesian Network، and Apriori (، دقة هذه الطرق هي 95.7589 ، ? 95.5357 ? ، و 0 ? على التوالي، في حين نسبة معيار الثقة لكل قاعده من نموذج قواعد الارتباط الضمني هي 1 .

 





حسين علي العميدي / اعلام الكلية 


   30/10/2019 06:06:43
   24/10/2019 05:59:22
   23/10/2019 07:00:51
   23/10/2019 06:58:52
   23/10/2019 05:51:50
   14/11/2019 10:18:35
   14/11/2019 10:01:33
   14/11/2019 07:38:56
   14/11/2019 06:05:59
   14/11/2019 05:37:44